Motor
2,2 kW (3 PS) mehr Spitzenleistung
Die YZF-R1 des Modelljahrgangs 2006 ist mit dem gleichen Reihenvierzylindermotor ausgerüstet wie ihr Vorgänger. Der Viertakter verfügt über Flüssigkeitskühlung, 998 ccm Hubraum, je fünf Ventile pro Zylinder und zwei obenliegende Nockenwellen. Auch das Bohrungs-Hubverhältnis von 77,0 x 53,6 mm und das Verdichtungsverhältnis von 12,4:1 bleiben ebenso unverändert wie die spezielle dreiachsige Getriebekonstruktion, die Einspritzanlage und die um 40 Grad nach vorn geneigten Zylinder. Denn an der gelungenen kompakten Bauart gab es schlichtweg nichts zu optimieren.
Yamaha Ingenieure haben die Einlass- und Auslasskanäle des R1-Zylinderkopfes gründlich überarbeitet und die Strömungseffizienz gesteigert, was nicht ohne Folgen für die Motorleistung blieb. So leistet der Motor im neuen R1-Modell bei 12.500/min 2,2 kW (3 PS) mehr als das bekannte Triebwerk. Dabei ist der Effekt des Staudrucksystems noch nicht berücksichtigt. Eine Änderung nimmt besonders großen Einfluss auf die Motorleistung: Die Einlassventilführungen wurden um 15 Prozent bzw. 5 mm auf 27,5 mm Länge gekürzt. Dadurch können die Frischgase schneller in die Zylinder strömen, und auch die Strömungsverluste fallen geringer aus. Selbstverständlich sind die Ansaugwege in ihrer Formgebung auf die neuen Ventilführungen abgestimmt. Eine ebenfalls optimierte Kupplungsnabe sorgt zudem für eine bessere Ölversorgung der Nasskupplung.

Weitere Detailänderungen
Zugunsten einer höheren Standfestigkeit wurde der kompakte Steuerkettenspanner geändert, wovon auch die Dichtung des Bauteils profitiert. Die Getriebehauptwelle ist nun fünf Millimeter länger, und auch der Motorgehäusedeckel trägt dieser Modifikation Rechnung.

Die wichtigsten technischen Merkmale des Motors:
- Flüssigkeitsgekühlter Reihenvierzylinder mit 998 ccm, zwei obenliegenden Nockenwellen und je fünf Ventilen pro Zylinder
- 128 kW (175 PS) bei 12.500/min, 2,2 kW (3 PS) mehr als bisher *
- Zylinder um 40 Grad nach vorn geneigt
- Elektronisch gesteuerte Saugrohreinspritzung
- Sehr kompaktes, dreiachsiges Getriebe
- Bohrung x Hub: 77,0 x 53,6 mm
- Verdichtungsverhältnis 12,4:1
- Strömungsgünstigere Einlasskanäle
- Neue, kürzere Einlassventilführungen
- Effizientere Einlass- und Abgasführung
- Modifizierter Steuerkettenspanner
- Neu gestaltete Kupplungsnabe
*) Bei Messung ohne Staudruck 

Fahrwerk  
Nach etlichen Strukturanalysen, ständigen Tests und mit den Erfahrungswerten der erfolgreichen MotoGP-Rennsportabteilung hat Yamaha für die neue R1 den Deltabox-Rahmen der fünften Generation geschaffen. Der Deltabox-V-Rahmen des Jahrgangs 2006 gleicht äußerlich seinem Vorläufer, denn die feinen aber signifikanten Unterschiede liegen im Verborgenen.